科学技术部(研究生部)是负责全校科学研究、科技成果转化、社会服务、学术交流及研究生教育管理等工作的综合性职能部门。部门下设项目管理科、产学研科、成果与知识产权科、研究生管理办公室四个科室。各科室主要工作职能如下：

产学研科负责校政行企产学研合作项目的归口管理；横向科研项目的管理；“双百行动”科技项目和农村科技特派员专项管理；与科协关联事项的组织；职务科技成果转移转化的归口管理。

项目管理科负责贯彻执行上级关于科研项目的各项方针、政策和规定；负责各级纵向科研项目的全流程管理，涵盖项目审定、组织申报、实施、检查、评审及监督管理；与上级单位开展科研合作，并与二级学院进行业务协同；负责惠州学院社科联工作及生物伦理审核；管理纵向科研项目档案。

研究生管理办公室负责研究生招生、培养管理、学位授予与质量监督（含硕士点申报工作）；研究生日常学生管理及联合培养工作；组织实施全国硕士研究生招生考试；学校学术交流活动的管理。

成果与知识产权科负责科研成果的管理与统计；各级各类科研奖项的组织申报与管理；知识产权的日常管理；科研创新服务平台的日常运行管理与维护以及综合性工作。